مطالعه نظری مکانیسم مولکولی آنزیم o-glycoprotein 2-acetamino-2-deoxy-?-d-glucopyranosidase (o-glcnacase) به منظور طراحی بازدارنده های جدید.
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه الزهراء - دانشکده علوم پایه
- نویسنده زهره حسن زاده
- استاد راهنما مینا غیاثی
- تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
- سال انتشار 1392
چکیده
o-گلیکوپروتئین2-استامینو-2-دی اکسی-?-d-گلوکوپیرانوزیداز (o-glcnacase) مسئول هیدرولیز باقیمانده های ?-n-استیل گلوکوزامین (o-glcnac) از باقیمانده های سرین یا ترئونین پروتئین نوکلئوسیتوپلاسمیک است. در این مطالعه مکانیسم کاتالیزوری آنـزیم o-glcnacase با استفاده از نظریه تابعی چگالی (dft) در سطح b3lyp و سری پایه **6.311g مطالعه و بررسی شد. همچنین اثرات جانشینی فلوئور روی گروه 2-استامیدوی سوبسترا در مکانیسم کاتالیزوری آنزیم o-glcnacase بررسی شد. مکانیزم پیشنهادی برای این آنزیم کاتالیز کمک-سوبسترا می باشد، که دو اسید آمینه ی آسپارتات نقش کاتالیزوری کلیدی در آنزیم o-glcnacase را ایفا می کنند. نتایج محاسبات تغییر شکل سوبسترا در طول هیدرولیز آنزیمی گلیکوزید را نشان می دهد، و سپس تشکیل حدواسط اکسازولین در مسیر واکنش آنزیم o-glcnacase در مکانیسم دومرحلهای اتفاق می افتد. در مرحله ی اول مکانیسم کاتالیزوری، asp174 گروه 2-استامیدو را قطبی می کند در نتیجه به عنوان نوکلئوفیل کاتالیزوری برای تشکیل حدواسط اکسازولین رفتار می کند. در مرحله ی بعدی، asp175 به عنوان یک باز عمومی برای ترویج حمله ی یک مولکول آب برای تولید محصول بتا همی استال عمل می کند. این مسیر واکنش دو حالت گذار (ts1,ts2) و یک حد واسط (int) را شامل می شود. انرژی آزاد فعالسازی محاسبه شده، برای ts1 و ts2 پیشنهاد می کند که مرحله ی اول می تواند مرحله ی محدود کننده ی سرعت فرآیند باشد. برطبق توابع ترمودینامیکی محاسبه شده، h?reaction? و g?reaction? این مکانیسم از نظر ترمودینامیکی مطلوب است. در همه ی محاسبات اثرات حلال با استفاده از مدل پیوستار قطبش پذیر (pcm) در نظر گرفته شده است.
منابع مشابه
A quantum mechanics/molecular mechanics study of the protein-ligand interaction of two potent inhibitors of human O-GlcNAcase: PUGNAc and NAG-thiazoline.
O-glycoprotein 2-acetamino-2-deoxy-beta- d-glucopyranosidase ( O-GlcNAcase) hydrolyzes 2-acetamido-2-deoxy-beta- d-glucopyranose ( O-GlcNAc) residues of serine/threonine residues of modified proteins. O-GlcNAc is present in many intracellular proteins and appears to have a role in the etiology of several diseases including cancer, Alzheimer's disease, and type II diabetes. In this work, we have...
متن کاملPoly[tetraaquabis(μ3-oxalato-κ5 O 1,O 2:O 1′:O 1′,O 2′)(μ2-oxalato-κ4 O 1,O 2:O 1′,O 2′)dipraseodymium(III)]
In the title complex, [Pr(2)(C(2)O(4))(3)(H(2)O)(4)](n), the two independent Pr(III) ions are both nine-coordinated in a distorted monocapped square-anti-prismatic geometry by seven O atoms from four oxalate ligands and two water mol-ecules. The Pr(III) ions are bridged by the oxalate ligands, forming a layer parallel to (001). O-H⋯O hydrogen bonds connect the layers.
متن کاملPoly[di-μ-aqua-diaquabis(μ7-oxalato-κ9 O 1:O 1:O 1,O 2:O 2:O 2′:O 2′,O 1′:O 1′)calciumdicaesium]
In the title compound, [CaCs2(C2O4)2(H2O)4] n , the Ca(2+) ion, lying on a twofold rotation axis, is coordinated by four O atoms from two oxalate ligands and two bridging water mol-ecules in an octa-hedral geometry. The Cs(+) ion is coordinated by seven O atoms from six oxalate ligands, one bridging water and one terminal water mol-ecule. The oxalate ligand displays a scarce high denticity. The...
متن کاملسنتز، ساختار بلوری و آنالیز سطح هرشفلد فسفریک تری آمید جدید [2-F-C6H4C(O)NH]P(O)[NHCH(CH3)2]2
در کار حاضر، فسفریک تری آمید جدید N-(2-فلوروبنزوئیل)-N′،N″-دی ایزوپروپیل فسفریک تری‌آمید، [2-F-C6H4C(O)NH]P(O)[NHCH(CH3)2]2 سنتز و با آنالیز بلورنگاری پرتوی X شناسایی می شود. واحد بی تقارن شامل دو مولکول مستقل P1 و P2 است که از طریق پیوندهای هیدروژنی NCP—H···O═C و (N—H)2···O═P، با تشکیل دو زنجیر مستقل و حلقه های / تجمع می یابند. به منظور بررسی بیشتر بر روی برهمکنش های بین مولکولی در ترکیب مور...
متن کاملHeparinase 1 selectivity for the 3,6-di-O-sulfo-2-deoxy-2- sulfamido-α-D-glucopyranose (1,4) 2-O-sulfo-α-L- idopyranosyluronic acid (GlcNS3S6S-IdoA2S) linkages
Zhongping Xiao2,3, Wenjing Zhao4, Bo Yang3, Zhenqing Zhang3, Huashi Guan1,2, and Robert J Linhardt1,3,4,5 Key Laboratory of Marine Drugs, Chinese Ministry of Education, Institute of Marine Drug and Food, Ocean University of China, Qingdao 266003, China; Department of Chemistry and Chemical Biology, Department of Biology, and Department of Chemical and Biological Engineering, Center for Biotechn...
متن کاملDrosophila O-GlcNAcase Deletion Globally Perturbs Chromatin O-GlcNAcylation.
Gene expression during Drosophila development is subject to regulation by the Polycomb (Pc), Trithorax (Trx), and Compass chromatin modifier complexes. O-GlcNAc transferase (OGT/SXC) is essential for Pc repression suggesting that the O-GlcNAcylation of proteins plays a key role in regulating development. OGT transfers O-GlcNAc onto serine and threonine residues in intrinsically disordered domai...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه الزهراء - دانشکده علوم پایه
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023